Kościół został zaprojektowany przez Wacława Ritschela, wzniesiono go w latach 1839–1841. Wewnątrz zachowane są typowe dla kościołów ewangelickich: ołtarz ambonowy oraz konstrukcja z drewnianych słupów podtrzymujących empory.
Na przełomie XVIII i XIX wieku miał miejsce rozwój osadnictwa ewangelickiego na terenie Suwalszczyzny.
Obecnie kościół w Suwałkach jest jedyną czynną, historyczną świątynią ewangelicką na terenie województwa podlaskiego.
